网络药理学与计算模拟设计靶向PTP1B变构位点的simufilam类衍生物用于阿尔茨海默病神经保护
结论（计算预测层面）：基于网络药理学与分子模拟，衍生物A20被预测可结合PTP1B非竞争性变构位点，并显示较优的结合能、轨迹稳定性与类药性，作者据此将其定位为待实验验证的先导候选；该结论属计算预测，尚不足以作为疗效结论。 设计与做法：研究为纯计算机模拟研究，未涉及人体或动物实验。
qcGEM：融合量子化学信息的图分子表征及83项任务评估
结论：作者提出一种融合量子化学先验的图分子表征qcGEM，并在83项分子相关任务上报告了优于现有方法的性能；该结论来自作者自评的基准比较，属计算研究层面的证据支持，尚不涉及湿实验或临床验证。 设计与做法：研究为方法学开发与基准评测，非人体或动物实验。作者设计专门模型架构处理量子化
基于网络药理学与转录组学筛选药食同源植物中AML预后基因及候选治疗靶点
结论（方向与强度）：通过网络药理学与转录组学整合分析，从106种药食同源植物中筛出候选基因与核心活性成分，并识别出6个AML潜在预后基因；证据属生物信息学预测与体外表达验证层面，尚不足以支持临床疗效结论。 研究设计与做法：材料未报告研究类型的具体界定；做法为系统分析AML公共组学
CapV荧光探针优化及环二核苷酸结构对CapV激活的影响
结论：通过延长resorufin酯探针的酰基链，可获得对cGAMP激活依赖性更高的CapV荧光报告体系；据此提示环二核苷酸的磷酸二酯骨架与2'-羟基是维持CapV激活的关键结构要素（证据支持，基于体外酶学与计算模拟）。 设计：体外基础研究，非人体或动物样本；以来自Acinetob
强化学习用于分子设计：算法分类、基准评测与可合成先导化合物的路径综述
该文为综述性预印本，系统梳理强化学习在从头药物设计与药物结构优化两类范式中的应用，并按算法家族、分子表征与评测基准分层归纳；作者的核心判断是基准上的强表现并不总能转化为真实世界效用，属观点性总结而非原始数据验证。 研究设计为叙述性综述加一个结构优化案例研究；样本量、干预与对照、随
嘧啶并噻唑-异噁唑偶联物作为双胆碱酯酶抑制剂的合成与体外评价
结论：新合成的嘧啶并噻唑并异噁唑类化合物在体外对乙酰胆碱酯酶（AChE）和丁酰胆碱酯酶（BuChE）均显示低微摩尔级抑制活性，先导化合物-1的IC50低于对照药多奈哌齐；证据支持其作为双靶点先导骨架，尚不足以支持临床有效性。 设计：属化学合成与体外生物学评价的临床前研究，样本量为
肿瘤血管生成调控因子RhoJ新型药物口袋的识别与靶向：分子动力学与细胞生物传感器研究
研究通过分子动力学模拟识别出由RhoJ N端延伸形成的新的别构口袋，并发现抗真菌药特康唑可占据该口袋、剂量依赖地破坏RhoJ与PAK3的相互作用，为选择性靶向RhoJ提供概念验证；证据档位C，属临床前提示。 设计为计算与细胞实验结合：分子动力学模拟、基于结构的虚拟筛选与分子对接，
从粗粒化分子动力学到生物分子凝聚体连续模型：以FUS低复杂度结构域为例
结论：Cahn-Hilliard方程可描述无序蛋白相分离的动力学过程，自由能泛函可跨阶段迁移而迁移率不可；属计算模拟层面的「证据支持」，实验外推不足以下结论。 设计：计算建模研究，以FUS低复杂度结构域为模型体系，用粗粒化分子动力学模拟推断Cahn-Hilliard方程中的自由能
基于Metal Mer的金属酶从头设计流程及锌、铁催化变体构建
研究提出一条可直接从计算获得高效金属酶的流程，以Metal Mer结构单元高置信度构建金属结合位点，所设计锌依赖氢转移酶变体在13种底物上ee>99%且无需定向进化；铁催化烯烃双官能化变体亦具初始活性，证据提示该流程可扩展金属酶可及反应范围。 为计算设计与实验验证相结合的方法学研
聚乙烯纳米塑料链长依赖的人过氧化氢酶相互作用模拟
结论方向：该预印本提示短链聚乙烯片段可能抑制人过氧化氢酶，而长链片段更倾向停留在外周表面；结论来自计算模拟，属提示性证据，不足以判定实际毒性。 设计与做法：研究采用分子对接与全原子分子动力学模拟，比较重复单元数 n=3、5、7、14 的聚乙烯寡聚物与人过氧化氢酶（四聚体血红素酶）
从头设计黄素蛋白并调控其激发态动力学
结论方向：该预印本报告了一套计算设计框架，可在从头设计蛋白中调控黄素的激发态行为，并据此获得热稳定的黄素结合蛋白；属设计验证性结果，尚不足以支持任何应用层面的结论。 设计与做法：研究为计算设计加超快光谱表征的整合研究，结合蛋白设计、QM/MM MD 与电子结构计算，迭代设计得到
CDK6结构导向药物重定位：319种非抗肿瘤药物的分子对接与动力学分析
通过分子对接与分子动力学模拟，度他雄胺、达那唑与氮卓斯汀被识别为可稳定占据CDK6 ATP结合位点的候选骨架，其中氮卓斯汀预测结合能最接近参照抑制剂阿贝西利；但均为计算预测，尚无生化或细胞层面证据支持其生物学相关性。 研究为计算结构生物学方法：以预测的人CDK6-Cyclin D
监督分子动力学模拟捕捉HuR结构域闭合过程
该研究用分子动力学模拟比较HuR的apo开放态与RNA结合闭合态，发现常规模拟无法捕捉开放到闭合的转变，遂将监督分子动力学（SuMD）拓展用于分子内结构域闭合，成功重现类实验RNA结合构象并提出可能的再闭合路径；结果提示该方法可扩展至分子内构象转变研究，属计算模拟层面的机制提示。
哌嗪-吡啶偶联物的醛糖还原酶抑制与抗氧化体外评价
合成的哌嗪-吡啶偶联类似物在体外对醛糖还原酶显示抑制活性，其中部分化合物的IC50低于参照药Sorbinil，提示该类结构具有进一步研究的可能，但证据仅来自体外与计算层面。 研究为化合物合成与体外/计算机评价研究：经波谱学表征结构，开展分子对接（靶点4JIR）、DFT分析、in
MdDOX-Co同源物揭示新型赤霉素代谢支系与单残基催化开关
证据支持：在实验体系中，MdDOX-Co同源物在赤霉素羟化位点上呈现分化，可分为具12α-羟化活性与具2-羟化活性两类；单残基替换T214P可将催化活性由12α-羟化转为2β-羟化。 设计为分子与生化研究，结合系统发育分析、重组酶生化实验与GC-MS检测，并采用酶结构预测、分子对
新型噻唑基脲DFMNTU靶向黄热病毒与宿主CK2
在Vero细胞中，新合成的噻唑基脲类化合物DFMNTU对黄热病毒17D株诱导的细胞病变具有抑制作用，并提示宿主激酶CK2为其可能靶点；该结果属体外与计算层面的早期hit发现，尚不足以支持体内或临床抗病毒结论。 研究为体外细胞学与计算机辅助药物发现研究：合成DFMNTU并经NMR、
多表位疫苗计算设计靶向耐药密歇根克雷伯菌
该计算研究提示，针对多重耐药密歇根克雷伯菌（K. michiganensis）ATCC 8724株设计的多表位疫苗（MEV）在免疫信息学层面具备候选潜力，但作者明确指出仍需进一步实验验证，因此当前证据不足以支持其实际保护效果。 研究设计为计算系统免疫学与多尺度建模，非体内或体外实
越鞠丸干预桥本甲状腺炎的TNF-NF-κB与PI3K-Akt协同调控：网络药理学与分子对接研究
结论方向：整合计算分析提示，越鞠丸可能通过协同调控炎症与生存/凋亡相关信号通路对桥本甲状腺炎发挥作用，作者据此提出可检验的“双轴核心”假说，属计算预测而非实验验证。 研究设计与做法：为网络药理学与分子对接的计算研究，无临床样本与随访；流程包括候选活性化合物与潜在靶点识别、PPI网
M. terreus SK34类胡萝卜素提取物诱导SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞凋亡
结论：来自M. terreus SK34的类胡萝卜素富集色素提取物在体外对SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞表现出选择性细胞毒性并诱导凋亡，证据档位为C，提示其具有潜在抗肿瘤研究价值，尚不足以支持临床结论。 研究设计与做法：采用体外细胞实验与计算机模拟相结合的设计；在未优化培养条件下
基于网络药理学、实验验证与分子对接探讨逍遥散治疗双相障碍的机制
研究提示逍遥散可能通过调控炎症通路中的STAT3、AKT1、IL-6、MAPK3等多靶点改善双相障碍样表现；该结论主要来自动物模型与计算预测，尚不足以下结论用于临床。 采用网络药理学预测、分子对接与动物实验验证相结合的策略；动物模型为Ank3基因敲低联合慢性社会挫败应激诱导的双相
