靶向RNA小分子计算机辅助设计：现状与方向

Journal of computer-aided molecular design · 2026-10-01 · 综述

• 一句话结论：该综述提示，RNA作为小分子药物靶点长期开发不足，2020年risdiplam获批表明折叠RNA可存在可成药口袋；但计算方法的成熟度仍受限，整体证据档位为B，属领域现状梳理而非疗效结论。
• 研究设计与做法：研究设计为叙述性综述，材料未报告纳入文献数量与检索策略。综述围绕RNA的构象动态骨架、缺乏特征的结合表面及高分辨率RNA-配体共晶结构有限等理化特点，梳理结合位点预测、RNA特异性对接与打分、基于结构的设计、片段筛选、序列平台、分子动力学与自由能方法及深度学习亲和力预测等计算流程。
• 主要结果：主要结果以方法学罗列为主，材料未报告效应量、置信区间、p值或发生率。文中提及的工具包括RLsite、RNABind、SPRank、RLDOCKScore、RNAmigos2、SILCS-RNA、Inforna、DeepRSMA、RLASIF、SMRTnet、PRISM等，均为定性描述。
• 机制或解释：作者解释：RNA调控几乎涉及细胞调控的各个层面，其治疗潜力受制于结构数据缺乏、力场不完善、选择性未解决以及计算预测与细胞活性之间的差距；这些约束是当前计算流程设计的出发点。
• 局限与边界：局限与边界：作为叙述性综述，材料未报告纳入标准、人群或模型系统、随访时长及利益冲突；所列举工具的性能比较缺乏定量数据，材料未报告相关验证细节。
• 可否落地：可否落地：对科研而言，本综述提示RNA小分子计算设计流程已形成多条技术路线，但受结构数据与力场限制，尚不足以下结论认为任一方法可直接用于药物开发；证据档位为B，需实验验证。

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Pandit A, Sathish E, Sharma O 等

本文摘自《每日前沿研究简报 · 2026-10-02》「化学信息 / 药物发现」。本内容仅用于研究信息整理与科普交流，不构成医疗建议。