标签:生物信息 组学

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硫源驱动IGTS8燃料脱硫菌基因表达全局重塑的RNA-seq研究

在燃料生物脱硫条件下,模式菌株Rhodococcus qingshengii IGTS8的转录组随硫源与生长阶段发生广泛重排,其中对数后期转录响应最强;作者据此提示该状态下的细胞优先维持稳态与保护,而非增殖。 采用时间序列比较RNA-seq设计,将IGTS8分别以二苯并噻吩(DB

骨骼肌衰老:从分子机制到治疗干预的综述

该综述提出,骨骼肌衰老应被理解为组织韧性逐渐丧失,而非单纯肌肉质量下降;运动与营养优化被视为当前临床基础,线粒体、合成代谢、衰老细胞清除与再生策略仍属新兴或研究性方向。 研究为叙述性综述,综合近期单细胞、多组学与转化研究,未报告系统检索策略、纳入文献数量或定量合并方法,材料未报告

ProST:图像提示引导的多模态表征学习用于空间域识别

作者提出ProST框架,在多个空间转录组数据集上报告其在空间域识别、可视化、空间轨迹推断与基因表达填补方面一致优于现有方法;该结论基于作者自选数据集的基准比较,属方法学提示性证据,尚不足以断言普适优越性。 研究为计算方法的开发与基准评测,非临床研究。ProST以组织学图像作为图像

Chemerin-CMKLR1信号与盐敏感性高血压免疫代谢障碍

结论:在30例高血压成人的住院盐负荷/限盐方案中,血浆chemerin在限盐期升高并与盐敏感性及收缩压相关,提示chemerin-CMKLR1信号可能参与盐敏感性高血压的免疫代谢障碍,但证据档位为小样本观察性研究,不足以下因果结论。 设计与做法:研究为小样本住院盐敏感性方案,纳入

原发中枢神经系统淋巴瘤分子病理与诊疗转化综述

该综述提示,整合液体活检与多组学分子分型可能推动原发中枢神经系统淋巴瘤(PCNSL)诊断精细化,并催生免疫调节剂、激酶抑制剂及CAR-T等新策略,但均处于转化探索阶段,尚不足以支持临床常规应用。 研究设计为叙述性综述,围绕PCNSL分子病理、临床相关分子亚分类、新兴治疗与下一代诊

脓肿分枝杆菌碳饥饿诱导非复制状态及广泛蛋白质组重塑

结论方向:在体外碳饥饿(CS)模型中,脓肿分枝杆菌(Mab)进入非复制持留状态并伴随广泛的蛋白质组重塑,约三分之一可鉴定蛋白丰度发生显著变化,证据档位为C,属提示性基础研究证据。 研究设计与做法:采用Mab参考株ATCC 19977,建立碳饥饿持留模型,比较复制状态与非复制状态的

GCB-DLBCL高CNV暗区恶性细胞状态与不良预后

在GCB-DLBCL中,单细胞与批量转录组整合分析识别出一个高拷贝数变异(CNV)、富集暗区样程序的恶性细胞状态M-C2,其丰度升高与总生存期较差相关,并伴抗原呈递能力下降。 研究整合单细胞转录组与推断CNV分析刻画恶性B细胞状态,采用调控子分析、功能注释与scPAGWAS探讨调

长读长测序解析转录组复杂性的端到端路线图综述

该综述提示,以PacBio与ONT为代表的长读长测序可直接观测完整RNA分子,有望突破短读长在重建全长转录本与解析重复区域(含转座元件)方面的瓶颈,但属方法学综述,不足以下结论认为其已可常规替代现有流程。 研究设计为叙述性综述,旨在提供从平台与文库策略选择到核心计算处理与下游解读