Evolutionary constraints and regulatory plasticity shape host specialization in the <i>Magnaporthe oryzae</i> species complex.
综述提出“受限可塑性”框架解释稻瘟病菌复合种宿主专化性的进化与调控机制。 整合进化基因组学、转录组学与代谢组学证据，综述宿主适应性的形成机制。
稻瘟病菌种复合体：宿主专一化的"受限可塑性"框架
背景：稻瘟病威胁全球水稻生产，小麦瘟的出现说明该病原具备宿主跳跃能力；Magnaporthe oryzae 并非均一种，而是遗传分化、宿主适应的谱系复合体。 框架：整合演化基因组学、转录组学与代谢组学，提出"受限可塑性（Constrained Plasticity）"，认为宿主适
慢性肾病：肾脏昼夜节律转录组的"适应不良重编程"
对 CKD 与对照小鼠肾组织做 4 小时间隔时序 RNA-seq，用 JTK_CYCLE 判定节律基因，并分为"丢失 / 获得 / 保持"三类。 总体：肾脏节律谱被大幅改写，"获得节律"是主导模式，核心钟基因表达被打乱。 免疫炎症侧：CKD 中上调的获得节律基因富集于免疫炎症通路
非小细胞肺癌：TXNRD1 经 TGF-β1 自分泌环驱动细胞可塑性与干性
数据挖掘：在 TCGA 与 GEO 中分析分期进展相关基因谱（侧重氧化还原基因家族）；TCGA 显示 TXNRD1 在晚期 NSCLC 中表达约为 2 倍，并在肿瘤组织中验证。 细胞实验：在 A549、H226、H1299 中过表达或敲低 TXNRD1（CRISPR/Cas9 或
HYOU1 缺陷：内质网蛋白稳态失衡同时打击 B 细胞与中性粒细胞
对象：2 例携带双等位 HYOU1 变异、表现为原发性免疫缺陷的无关患者。患者 1 纯合 p.Pro444His（发育迟缓、低血糖、B 细胞减少、中性粒细胞减少）；患者 2 复合杂合（反复感染、肠病、低丙种球蛋白血症）。 分子层面：患者 1 的 HYOU1 转录正常但蛋白严重降低
肝内胆管癌：三级淋巴结构（TLS）的时空图谱与成熟连续谱
规模：多模态空间图谱；蛋白组 214 例发现 + 155 例验证，证明瘤内 TLS（iTLS）是独立预后标志物，并建立四层 TLS 微环境分类与随机森林 TLS 预测分类器。 结构：成像质谱流式（IMC）显示 iTLS⁺ 肿瘤具结构化免疫架构——M1 样组织驻留巨噬细胞、树突细胞
胶质母细胞瘤与结直肠癌：保守 miRNA 网络调控 PD-1/PD-L1
筛出 5 个在 GBM 与 CRC 中一致失调的保守 miRNA：miR-106a-5p、miR-106b-5p、miR-20a-5p、miR-20b-5p、miR-138-5p。 上调组：miR-106a/106b-5p 在两癌中均上调且预后较好（表达越高生存越好）；miR-2
（方法亮点）NanoCAGE：病毒如何"劫持"宿主翻译
Virulence · 2026-09-03 · 期刊论文 用 NanoCAGE-seq 描绘人巨细胞病毒（HCMV）感染后宿主替代性转录起始位点（TSS）的切换全景：核糖体蛋白基因富集，感染期整体转录虽下调、蛋白却反常累积——替代 5'U
焦亡相关 lncRNA：乳腺癌预后与免疫微环境 signature
Cell Cycle · 2026-09-06 · 综述 综述焦亡相关 lncRNA 在乳腺癌进展与免疫中的调控：转录组分析得到的预后 signature 能把患者分层——低危组富集 CD8+ T / NK / B 浸润与免疫检查点表达，高
ROMO1 与类风湿关节炎：GWAS/孟德尔随机化 + 单细胞 + 空间的四层整合
Autoimmunity · 2026-09-05 · 期刊论文 用孟德尔随机化（MR）+ 差异表达 + 机器学习选特征锁定线粒体 ROS 调控因子 ROMO1；再以单细胞 RNA + 空间转录组，把 ROMO1 相关免疫细胞定位到滑膜微环
