基于Kirkwood-Buff理论的分子动力学模拟计算多组分混合物水活度
该研究提示，将Kirkwood-Buff理论推广至任意独立热力学组分数目的多组分水溶液后，可由分子动力学轨迹估算水活度，计算结果再现了主要实验趋势，但属方法学探索，尚不足以作为定量标准。 设计为分子动力学模拟方法学研究：以KB理论为基础，采用广义公式对所需化学势导数进行数值求解，
致突变性预测：QSAR + read-across + 深度学习的可解释流水线（Enalos 云平台）
目标：以 Ames 试验（细菌基因突变）数据构建非动物替代方法（NAM），支撑"安全可持续设计（SSbD）"化学品，在早期识别潜在危害物；数据做了立体特异性整理。 融合：三模型多数投票，外部验证准确率 83%，可降低单一模型偏置。 可解释性：用 XAI 解释关键描述符，为致突变机
深度学习与分子模拟预测HDAC8抑制剂活性
研究构建并验证了一套深度学习计算流程，用于预测HDAC8抑制剂的活性强度。 整合化学信息学、神经网络、分子对接与分子动力学模拟，基于ChEMBL中4583个HDAC8抑制剂实验pIC50数据建模。
桔梗皂苷D的血管效应依情境而异：抑制新生内膜却加重动脉粥样硬化并涉及mTORC1信号
结论：桔梗皂苷D（PD）在无脂质负荷的血管损伤模型中可抑制新生内膜形成，但在高脂血症背景下加重早期动脉粥样硬化，其血管结局依脂质与血流情境而定，属证据支持的方向性结论，但强度受模型与样本量限制。 设计：整合网络药理学、分子对接、100 ns分子动力学模拟、血管平滑肌细胞（VSMC
新型噻唑基脲DFMNTU靶向黄热病毒与宿主CK2
在Vero细胞中，新合成的噻唑基脲类化合物DFMNTU对黄热病毒17D株诱导的细胞病变具有抑制作用，并提示宿主激酶CK2为其可能靶点；该结果属体外与计算层面的早期hit发现，尚不足以支持体内或临床抗病毒结论。 研究为体外细胞学与计算机辅助药物发现研究：合成DFMNTU并经NMR、
铜基配位聚合物：尿素酶/硝化双功能抑制剂（对接 + 动力学 + 土壤验证）
结构设计：水热法合成两个新铜基配位聚合物 Cu-CP-1 与 Cu-CP-2，目标是同时延缓尿素水解与抑制硝化，以提高氮肥利用率。 活性：尿素酶抑制 IC₅₀ 分别为 3.40 ± 0.01 µM 与 9.15 ± 0.04 µM，显著优于其有机配体与参照抑制剂。 机制：动力学
从头设计塑造半合成导电蛋白孔道
研究通过从头设计构建半合成导电蛋白孔道。 摘要缺失，无法获知具体设计策略与实验方法。
溶菌酶天然样与螺旋熔球态的结构与热力学表征：ANS结合与分子对接
研究结合荧光淬灭、ANS结合、FRET与分子对接，表征溶菌酶部分折叠中间态的结构与热力学特征。 以丙烯酰胺和碘离子作淬灭剂考察极端pH下溶菌酶构象变化，并用GuSCN、HFIP和TFE诱导构象改变。
（方法亮点）SAM-I 核开关：单分子磁力光谱 vs SPR / ITC
RNA Biology · 2026-09-02 · 期刊论文 用"可缩放磁力光谱（MFS）"并行分析数百单分子，在高 / 低镁条件下测量 SAM / SAH 与 SAM-I 核开关的结合亲和力，结果与 SPR、ITC 一致，还额外给出构象
脂肪酶ITB 2.1的结构与功能验证模型用于抗肥胖药物筛选
研究整合序列分析、结构建模、分子对接、分子动力学模拟与酶学实验，解析脂肪酶ITB 2.1的进化保守性及奥利司他对该酶的抑制机制。 采用多序列比对、系统发育与距离分析、分子对接和动力学模拟，并结合酶学测定，比较细菌、真菌与哺乳动物脂肪酶的结构特征。
