黑种草生物活性成分抗MRSA的系统综述与计算分析
该系统综述结合分子对接、分子动力学模拟与ADMET分析提示，黑种草中的百里醌与香芹酚可能通过作用于MRSA关键耐药蛋白PBP2a发挥抗MRSA作用，对香芹酚与百里醌的结合亲和力强于对伞花烃与反式茴香脑；整体为体外与计算证据，档位B，尚不足以下临床结论。 研究按PRISMA 202
CDK6结构导向药物重定位：319种非抗肿瘤药物的分子对接与动力学分析
通过分子对接与分子动力学模拟，度他雄胺、达那唑与氮卓斯汀被识别为可稳定占据CDK6 ATP结合位点的候选骨架，其中氮卓斯汀预测结合能最接近参照抑制剂阿贝西利；但均为计算预测，尚无生化或细胞层面证据支持其生物学相关性。 研究为计算结构生物学方法：以预测的人CDK6-Cyclin D
体力活动改善骨骼肌胰岛素敏感性的计算生物标志物与化合物筛选
结论：该假设生成型研究提示WNT4可能参与骨骼肌胰岛素敏感性的动态调控，并提出“内源性代偿—阶段转换”功能假说及候选化合物库；所有发现均为计算预测，方向为提示性，尚不足以下结论。 设计与做法：整合生物信息学与计算化学，使用公共数据集；骨骼肌数据集GSE24215（n=10）为卧床
OpenFermion：面向量子计算机的电子结构计算工具包
OpenFermion 是一个开源 Python 包，用于编译和分析模拟费米子系统（包括量子化学）的量子算法，提供费米子与量子比特哈密顿量的表示与操作工具。
现代药物发现与开发的创新策略综述
结论方向：综述认为近二十年计算、生物与工程进展正逐步改变药物研发流程，AI/ML、多组学、基因编辑、类器官与精准医学等新策略已渗透各阶段；证据档位为C，属叙述性综述，方向为总体积极但未给出量化效应。 研究设计与做法：为叙述性/批判性综述，非原始研究；材料未报告样本量、干预与对照、
MolSanitizer：面向大规模虚拟筛选的开源小分子数据库准备流程
结论：MolSanitizer作为基于RDKit的开源分子准备流程，在基准测试中表现优于若干免费软件，并与商业软件性能相当，提示其可用于大规模虚拟筛选前的数据库准备，证据档位C。 设计与做法：为工具开发与基准测试类研究，构建开源流程，包含化学环境感知的质子化与互变异构规则、系统性
靶向FAP小分子光敏剂用于光动力疗法的设计、合成与临床前评价
结论方向：该文献为期刊出版资讯条目，仅提供文章题录信息，未包含摘要内容，因此无法就 FAP 靶向小分子光敏剂的设计、合成与临床前评价给出方向性结论；当前「不足以下结论」。 研究设计与做法：材料仅显示为 European Journal of Medicinal Chemistry
Large-scale prospective evaluation of co-folding across hundreds of Mac1–ligand complexes and three virtual screens
Abstract Accurate prediction of ligand-bound protein complexes and ranking them by affinity are central problems in drug discovery. While de
从头设计黄素蛋白并调控其激发态动力学
结论方向：该预印本报告了一套计算设计框架，可在从头设计蛋白中调控黄素的激发态行为，并据此获得热稳定的黄素结合蛋白；属设计验证性结果，尚不足以支持任何应用层面的结论。 设计与做法：研究为计算设计加超快光谱表征的整合研究，结合蛋白设计、QM/MM MD 与电子结构计算，迭代设计得到
聚乙烯纳米塑料链长依赖的人过氧化氢酶相互作用模拟
结论方向：该预印本提示短链聚乙烯片段可能抑制人过氧化氢酶，而长链片段更倾向停留在外周表面；结论来自计算模拟，属提示性证据，不足以判定实际毒性。 设计与做法：研究采用分子对接与全原子分子动力学模拟，比较重复单元数 n=3、5、7、14 的聚乙烯寡聚物与人过氧化氢酶（四聚体血红素酶）
苯基二氮烯连接苯并咪唑–三唑杂合物的合成、抗菌活性与分子对接
结论：作者合成了一系列苯并咪唑-1,2,3-三唑杂合物，体外筛选提示氟代衍生物对革兰阳性菌和真菌活性增强、甲氧基取代物对革兰阴性菌活性较好，其中化合物 7b 与 7f 活性最具前景；该结论为体外筛选与对接层面的「提示」，尚不足以支持临床有效性。 设计与做法：属化学合成与体外活性筛
MDAnalysis：分子动力学模拟轨迹分析的 Python 库
MDAnalysis 是一个 Python 库，用于分析分子尺度的多体系统计算机模拟，支持多种模拟软件的输出格式，并提供常用分析算法。
多尺度计算方法在抗结核感染药物研发中的应用进展
该综述认为，从网络药理学到机器学习、分子对接与分子动力学的自上而下多尺度流程，结合自下而上的实验反馈，可构成加速抗结核先导化合物发现并应对耐药性的闭环范式；方向为积极但附条件，强度为综述性判断。 研究设计为系统性文献综述，非原始实验；材料未报告样本量、干预与对照、随访时长。综述按
化学方向雷达 · 2026-W42｜计算流水线化、蛋白从头设计、多尺度闭环
化学方向雷达：流程即成果：分子准备与筛选基准、从头设计蛋白的功能态调控、多尺度闭环：从网络到先导的整合。本期提问方式从“化合物有没有活性”转向“用什么模型、参数与靶点构象去筛”，计算流程本身成为被评价对象。
虚拟药物筛选中计算化学的演进：小型综述
该小型综述指出，基于结构与基于配体的药物设计互为补充，分子对接、分子动力学、QSAR、药效团建模与ADMET预测等方法可提升候选分子筛选效率，但结果可靠性取决于结构、数据与模型质量，属叙述性综述层面的证据支持。 研究为叙述性文献综述，检索Scopus、Web of Science
基于Metal Mer的金属酶从头设计流程及锌、铁催化变体构建
研究提出一条可直接从计算获得高效金属酶的流程，以Metal Mer结构单元高置信度构建金属结合位点，所设计锌依赖氢转移酶变体在13种底物上ee>99%且无需定向进化；铁催化烯烃双官能化变体亦具初始活性，证据提示该流程可扩展金属酶可及反应范围。 为计算设计与实验验证相结合的方法学研
从粗粒化分子动力学到生物分子凝聚体连续模型：以FUS低复杂度结构域为例
结论：Cahn-Hilliard方程可描述无序蛋白相分离的动力学过程，自由能泛函可跨阶段迁移而迁移率不可；属计算模拟层面的「证据支持」，实验外推不足以下结论。 设计：计算建模研究，以FUS低复杂度结构域为模型体系，用粗粒化分子动力学模拟推断Cahn-Hilliard方程中的自由能
肿瘤血管生成调控因子RhoJ新型药物口袋的识别与靶向：分子动力学与细胞生物传感器研究
研究通过分子动力学模拟识别出由RhoJ N端延伸形成的新的别构口袋，并发现抗真菌药特康唑可占据该口袋、剂量依赖地破坏RhoJ与PAK3的相互作用，为选择性靶向RhoJ提供概念验证；证据档位C，属临床前提示。 设计为计算与细胞实验结合：分子动力学模拟、基于结构的虚拟筛选与分子对接，
嘧啶并噻唑-异噁唑偶联物作为双胆碱酯酶抑制剂的合成与体外评价
结论：新合成的嘧啶并噻唑并异噁唑类化合物在体外对乙酰胆碱酯酶（AChE）和丁酰胆碱酯酶（BuChE）均显示低微摩尔级抑制活性，先导化合物-1的IC50低于对照药多奈哌齐；证据支持其作为双靶点先导骨架，尚不足以支持临床有效性。 设计：属化学合成与体外生物学评价的临床前研究，样本量为
含杂环药效团的8-羟基喹啉席夫碱杂合物体外抗菌评价
结论：新合成的8-羟基喹啉席夫碱杂合物在体外对受试菌株显示抑菌活性，其中SSAJ-06活性最高；属体外筛选，证据档位为C。 设计：化学合成与体外药敏研究；设计合成SSAJ-01至SSAJ-06共6个化合物，经FT-IR、核磁与质谱表征，用纸片扩散法和肉汤微量稀释法测试2株革兰阳性
