Avacopan 肝胆安全性信号：多库药物警戒 + 网络药理 + 可解释机器学习
数据：从 FAERS 提取 avacopan 相关个例安全报告 5,293 份、含 11,901 个不良事件术语，并与 JADER、EudraVigilance 交叉验证。 不成比例分析（ROR + BCPNN）：感染、胃肠疾病与肝胆疾病信号阳性；药物性肝损伤、黄疸、胆汁淤积、胆
稻瘟病菌种复合体：宿主专一化的"受限可塑性"框架
背景：稻瘟病威胁全球水稻生产，小麦瘟的出现说明该病原具备宿主跳跃能力；Magnaporthe oryzae 并非均一种，而是遗传分化、宿主适应的谱系复合体。 框架：整合演化基因组学、转录组学与代谢组学，提出"受限可塑性（Constrained Plasticity）"，认为宿主适
慢性肾病：肾脏昼夜节律转录组的"适应不良重编程"
对 CKD 与对照小鼠肾组织做 4 小时间隔时序 RNA-seq，用 JTK_CYCLE 判定节律基因，并分为"丢失 / 获得 / 保持"三类。 总体：肾脏节律谱被大幅改写，"获得节律"是主导模式，核心钟基因表达被打乱。 免疫炎症侧：CKD 中上调的获得节律基因富集于免疫炎症通路
非小细胞肺癌：TXNRD1 经 TGF-β1 自分泌环驱动细胞可塑性与干性
数据挖掘：在 TCGA 与 GEO 中分析分期进展相关基因谱（侧重氧化还原基因家族）；TCGA 显示 TXNRD1 在晚期 NSCLC 中表达约为 2 倍，并在肿瘤组织中验证。 细胞实验：在 A549、H226、H1299 中过表达或敲低 TXNRD1（CRISPR/Cas9 或
HYOU1 缺陷：内质网蛋白稳态失衡同时打击 B 细胞与中性粒细胞
对象：2 例携带双等位 HYOU1 变异、表现为原发性免疫缺陷的无关患者。患者 1 纯合 p.Pro444His（发育迟缓、低血糖、B 细胞减少、中性粒细胞减少）；患者 2 复合杂合（反复感染、肠病、低丙种球蛋白血症）。 分子层面：患者 1 的 HYOU1 转录正常但蛋白严重降低
肝内胆管癌：三级淋巴结构（TLS）的时空图谱与成熟连续谱
规模：多模态空间图谱；蛋白组 214 例发现 + 155 例验证，证明瘤内 TLS（iTLS）是独立预后标志物，并建立四层 TLS 微环境分类与随机森林 TLS 预测分类器。 结构：成像质谱流式（IMC）显示 iTLS⁺ 肿瘤具结构化免疫架构——M1 样组织驻留巨噬细胞、树突细胞
胶质母细胞瘤与结直肠癌：保守 miRNA 网络调控 PD-1/PD-L1
筛出 5 个在 GBM 与 CRC 中一致失调的保守 miRNA：miR-106a-5p、miR-106b-5p、miR-20a-5p、miR-20b-5p、miR-138-5p。 上调组：miR-106a/106b-5p 在两癌中均上调且预后较好（表达越高生存越好）；miR-2
人–AI 团队 vs 人–人团队：信息探询如何影响协作决策
背景：传统人–AI 决策研究把过程当作"AI 给建议、人做决定"的线性分段流程；但 LLM 让交互更接近人–人团队的协作——成员必须共享并整合各自独有的信息才能做出好决策。 采用团队研究经典范式 隐藏剖面任务（hidden profile）；操纵团队类型（人–AI 98 组 vs
AI 与智能体在药物发现中的应用：批判性文献综述
演进脉络：从 DENDRAL 专家系统、计算机辅助药物设计（CADD）、QSAR 建模，到 AlphaFold 3 生物分子复合物预测、计算机辅助合成规划（CASP）、天然产物生物勘探与自主多智能体系统。 重点进展：抗菌筛选、精准肿瘤学、植物化学表征，以及临床阶段的 AI 生成分
主动推断与"人工推理"：用期望自由能驱动结构学习与规则发现
核心问题：如何采样最能揭示世界模型结构的结果——即在若干生成模型/假设之间做最优实验设计（rule discovery）。 数学工具：主动推断中，策略（动作组合）按期望自由能选择 = 期望信息增益 + 价值；信息增益即"含与不含行动后果"两种预测后验之间的 KL 散度。 计算效率
