Insight into the differential binding mechanisms of substrate, cocaine, and therapeutic drugs with dopamine transporter based on molecular dynamics simulations.
用全原子分子动力学比较多巴胺、可卡因及治疗性抑制剂与多巴胺转运体的差异结合机制。 采用全原子MD模拟，结合MM/PBSA计算、主成分分析与自由能景观分析比较结合模式。
槐耳通过IL-2/PI3K-Akt免疫调节治疗肝细胞癌的预测机制
该研究初步提示槐耳辅助治疗肝细胞癌可能涉及IL-2/PI3K-Akt免疫调节机制。 采用meta分析评估临床疗效，并整合网络药理学、生物信息学、分子对接、分子动力学模拟与细胞实验。
新型苯磺酰胺衍生物：杀幼虫与抗菌活性及分子对接研究
结论：合成的苯磺酰胺衍生物中，化合物5对Wohlfahrtia magnifica幼虫显示较强杀幼虫活性，化合物2对多重耐药革兰阴性菌显示选择性抑菌活性，证据档位为体外/计算机模拟层面，尚不足以支持临床结论。 设计与做法：研究为体外实验与计算机模拟结合。通过碱催化Claisen-
基于Metal Mer的金属酶从头设计流程及锌、铁催化变体构建
研究提出一条可直接从计算获得高效金属酶的流程，以Metal Mer结构单元高置信度构建金属结合位点，所设计锌依赖氢转移酶变体在13种底物上ee>99%且无需定向进化；铁催化烯烃双官能化变体亦具初始活性，证据提示该流程可扩展金属酶可及反应范围。 为计算设计与实验验证相结合的方法学研
大语言模型用于药物发现：应用与未来方向的系统综述
系统综述梳理大语言模型在药物研发各阶段的应用现状与未来方向。 遵循PRISMA 2020规范，检索2018至2025年PubMed、Scopus、Web of Science与Google Scholar文献。
膀胱癌免疫原性细胞死亡多组学分析及NU-1025计算药物筛选
基于TCGA与GEO转录组数据的整合生物信息学分析，作者识别出两种免疫原性细胞死亡（ICD）分子亚型，并构建八基因ICD风险模型；计算筛选提名NU-1025为可逆转高危基因表达模式的候选化合物，属纯计算与回顾性数据研究，证据档位为C，尚不足以下临床结论。 研究为生物信息学与计算药
致突变性预测：QSAR + read-across + 深度学习的可解释流水线（Enalos 云平台）
目标：以 Ames 试验（细菌基因突变）数据构建非动物替代方法（NAM），支撑"安全可持续设计（SSbD）"化学品，在早期识别潜在危害物；数据做了立体特异性整理。 融合：三模型多数投票，外部验证准确率 83%，可降低单一模型偏置。 可解释性：用 XAI 解释关键描述符，为致突变机
深度学习与分子模拟预测HDAC8抑制剂活性
研究构建并验证了一套深度学习计算流程，用于预测HDAC8抑制剂的活性强度。 整合化学信息学、神经网络、分子对接与分子动力学模拟，基于ChEMBL中4583个HDAC8抑制剂实验pIC50数据建模。
铜基配位聚合物：尿素酶/硝化双功能抑制剂（对接 + 动力学 + 土壤验证）
结构设计：水热法合成两个新铜基配位聚合物 Cu-CP-1 与 Cu-CP-2，目标是同时延缓尿素水解与抑制硝化，以提高氮肥利用率。 活性：尿素酶抑制 IC₅₀ 分别为 3.40 ± 0.01 µM 与 9.15 ± 0.04 µM，显著优于其有机配体与参照抑制剂。 机制：动力学
通痹灵丁治疗骨关节炎活性成分与机制的多组学研究
基于多组学与实验验证，初步揭示通痹灵丁治疗骨关节炎的潜在活性成分及分子机制。 采用DMM诱导小鼠OA模型与IL-1β刺激软骨细胞，结合UPLC-MS/MS、网络药理学、转录组学与分子对接。
