标签:化学信息 药物发现

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从头设计黄素蛋白并调控其激发态动力学

结论方向:该预印本报告了一套计算设计框架,可在从头设计蛋白中调控黄素的激发态行为,并据此获得热稳定的黄素结合蛋白;属设计验证性结果,尚不足以支持任何应用层面的结论。 设计与做法:研究为计算设计加超快光谱表征的整合研究,结合蛋白设计、QM/MM MD 与电子结构计算,迭代设计得到

多表位疫苗计算设计靶向耐药密歇根克雷伯菌

该计算研究提示,针对多重耐药密歇根克雷伯菌(K. michiganensis)ATCC 8724株设计的多表位疫苗(MEV)在免疫信息学层面具备候选潜力,但作者明确指出仍需进一步实验验证,因此当前证据不足以支持其实际保护效果。 研究设计为计算系统免疫学与多尺度建模,非体内或体外实

桔梗皂苷D的血管效应依情境而异:抑制新生内膜却加重动脉粥样硬化并涉及mTORC1信号

结论:桔梗皂苷D(PD)在无脂质负荷的血管损伤模型中可抑制新生内膜形成,但在高脂血症背景下加重早期动脉粥样硬化,其血管结局依脂质与血流情境而定,属证据支持的方向性结论,但强度受模型与样本量限制。 设计:整合网络药理学、分子对接、100 ns分子动力学模拟、血管平滑肌细胞(VSMC

网络药理学与计算模拟设计靶向PTP1B变构位点的simufilam类衍生物用于阿尔茨海默病神经保护

结论(计算预测层面):基于网络药理学与分子模拟,衍生物A20被预测可结合PTP1B非竞争性变构位点,并显示较优的结合能、轨迹稳定性与类药性,作者据此将其定位为待实验验证的先导候选;该结论属计算预测,尚不足以作为疗效结论。 设计与做法:研究为纯计算机模拟研究,未涉及人体或动物实验。

基于Kirkwood-Buff理论的分子动力学模拟计算多组分混合物水活度

该研究提示,将Kirkwood-Buff理论推广至任意独立热力学组分数目的多组分水溶液后,可由分子动力学轨迹估算水活度,计算结果再现了主要实验趋势,但属方法学探索,尚不足以作为定量标准。 设计为分子动力学模拟方法学研究:以KB理论为基础,采用广义公式对所需化学势导数进行数值求解,