OpenMM：高性能分子模拟工具包
OpenMM 是一个分子模拟工具包，可作为独立应用运行模拟，也可作为库从自有代码调用，支持自定义力与积分器，并利用 GPU 加速。
构象驱动设计合成新型PAK1抑制剂下调PD-L1用于三阴性乳腺癌
该研究基于构象驱动设计并合成新型PAK1抑制剂，旨在下调PD-L1以治疗三阴性乳腺癌。 作者包括Bao、Lai、Zhao等，刊于European Journal of Medicinal Chemistry第320卷。
化学方向雷达 · 2026-W40｜计算流水线化、RNA口袋、绿色CADD
化学方向雷达：计算筛选流水线化、RNA小分子口袋挖掘、多靶点通路协同假说。计算类条目占据压倒性多数，提问方式已从“这个化合物有没有活性”转向“用什么模型、什么参数、什么靶点构象去筛”。
靶向FAP小分子光敏剂用于光动力疗法的设计、合成与临床前评价
结论方向：该文献为期刊出版资讯条目，仅提供文章题录信息，未包含摘要内容，因此无法就 FAP 靶向小分子光敏剂的设计、合成与临床前评价给出方向性结论；当前「不足以下结论」。 研究设计与做法：材料仅显示为 European Journal of Medicinal Chemistry
三维深度神经网络预测结合能加速结核配体筛选
结论：在InhA这一结核靶点、全柔性受体工作流与精选配体集合内，三维深度神经网络可在对接前预估结合能，与对接趋势呈中等相关，提示其作为预筛选手段具有可行性。 研究设计与做法：为计算模拟研究，构建全柔性受体模型并生成20000个构象，采用InhA结合口袋静电电荷分布的三维体素表示；
绿色CADD：药物发现中的可持续路径综述
该综述提示，将绿色化学理念与计算机辅助药物设计（CADD）结合，可能形成更快速、更绿色、成本更低的药物研发框架；作者持积极展望，但本文为叙述性综述，未提供定量证据，故其主张属「提示」而非「证据支持」。 研究设计为综述性论述，材料未报告系统检索策略、纳入文献数量、样本量、干预与对照
CDK6结构导向药物重定位：319种非抗肿瘤药物的分子对接与动力学分析
通过分子对接与分子动力学模拟，度他雄胺、达那唑与氮卓斯汀被识别为可稳定占据CDK6 ATP结合位点的候选骨架，其中氮卓斯汀预测结合能最接近参照抑制剂阿贝西利；但均为计算预测，尚无生化或细胞层面证据支持其生物学相关性。 研究为计算结构生物学方法：以预测的人CDK6-Cyclin D
羟基化异烟肼席夫碱衍生物的合成与生物评价
合成羟基化异烟肼席夫碱衍生物，并开展体外、体内与计算模拟的综合生物评价。 研究结合体外实验、体内实验与分子模拟三类手段，对衍生物进行表征与活性比较。
MDAnalysis：分子动力学模拟轨迹分析的 Python 库
MDAnalysis 是一个 Python 库，用于分析分子尺度的多体系统计算机模拟，支持多种模拟软件的输出格式，并提供常用分析算法。
监督分子动力学模拟捕捉HuR结构域闭合过程
该研究用分子动力学模拟比较HuR的apo开放态与RNA结合闭合态，发现常规模拟无法捕捉开放到闭合的转变，遂将监督分子动力学（SuMD）拓展用于分子内结构域闭合，成功重现类实验RNA结合构象并提出可能的再闭合路径；结果提示该方法可扩展至分子内构象转变研究，属计算模拟层面的机制提示。
