标签:化学信息 药物发现

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网络药理学与计算模拟设计靶向PTP1B变构位点的simufilam类衍生物用于阿尔茨海默病神经保护

结论(计算预测层面):基于网络药理学与分子模拟,衍生物A20被预测可结合PTP1B非竞争性变构位点,并显示较优的结合能、轨迹稳定性与类药性,作者据此将其定位为待实验验证的先导候选;该结论属计算预测,尚不足以作为疗效结论。 设计与做法:研究为纯计算机模拟研究,未涉及人体或动物实验。

qcGEM:融合量子化学信息的图分子表征及83项任务评估

结论:作者提出一种融合量子化学先验的图分子表征qcGEM,并在83项分子相关任务上报告了优于现有方法的性能;该结论来自作者自评的基准比较,属计算研究层面的证据支持,尚不涉及湿实验或临床验证。 设计与做法:研究为方法学开发与基准评测,非人体或动物实验。作者设计专门模型架构处理量子化

基于Kirkwood-Buff理论的分子动力学模拟计算多组分混合物水活度

该研究提示,将Kirkwood-Buff理论推广至任意独立热力学组分数目的多组分水溶液后,可由分子动力学轨迹估算水活度,计算结果再现了主要实验趋势,但属方法学探索,尚不足以作为定量标准。 设计为分子动力学模拟方法学研究:以KB理论为基础,采用广义公式对所需化学势导数进行数值求解,

CDK6结构导向药物重定位:319种非抗肿瘤药物的分子对接与动力学分析

通过分子对接与分子动力学模拟,度他雄胺、达那唑与氮卓斯汀被识别为可稳定占据CDK6 ATP结合位点的候选骨架,其中氮卓斯汀预测结合能最接近参照抑制剂阿贝西利;但均为计算预测,尚无生化或细胞层面证据支持其生物学相关性。 研究为计算结构生物学方法:以预测的人CDK6-Cyclin D

AI引导发现真菌麦角甾醇衍生物作为选择性LXRβ激动剂靶向胶质母细胞瘤胆固醇依赖

研究以人工智能引导策略发现真菌麦角甾醇衍生物,作为靶向胶质母细胞瘤胆固醇依赖的选择性LXRβ激动剂。 针对GBM对外源胆固醇的共同依赖及LXRβ作为中枢神经系统胆固醇外排主要调控因子,构建整合性AI方法筛选LXRβ选择性、可透过血脑屏障且避免LXRα共激活肝毒性的激动剂。

监督分子动力学模拟捕捉HuR结构域闭合过程

该研究用分子动力学模拟比较HuR的apo开放态与RNA结合闭合态,发现常规模拟无法捕捉开放到闭合的转变,遂将监督分子动力学(SuMD)拓展用于分子内结构域闭合,成功重现类实验RNA结合构象并提出可能的再闭合路径;结果提示该方法可扩展至分子内构象转变研究,属计算模拟层面的机制提示。