慢性肾病：肾脏昼夜节律转录组的"适应不良重编程"
对 CKD 与对照小鼠肾组织做 4 小时间隔时序 RNA-seq，用 JTK_CYCLE 判定节律基因，并分为"丢失 / 获得 / 保持"三类。 总体：肾脏节律谱被大幅改写，"获得节律"是主导模式，核心钟基因表达被打乱。 免疫炎症侧：CKD 中上调的获得节律基因富集于免疫炎症通路
HYOU1 缺陷：内质网蛋白稳态失衡同时打击 B 细胞与中性粒细胞
对象：2 例携带双等位 HYOU1 变异、表现为原发性免疫缺陷的无关患者。患者 1 纯合 p.Pro444His（发育迟缓、低血糖、B 细胞减少、中性粒细胞减少）；患者 2 复合杂合（反复感染、肠病、低丙种球蛋白血症）。 分子层面：患者 1 的 HYOU1 转录正常但蛋白严重降低
肝内胆管癌：三级淋巴结构（TLS）的时空图谱与成熟连续谱
规模：多模态空间图谱；蛋白组 214 例发现 + 155 例验证，证明瘤内 TLS（iTLS）是独立预后标志物，并建立四层 TLS 微环境分类与随机森林 TLS 预测分类器。 结构：成像质谱流式（IMC）显示 iTLS⁺ 肿瘤具结构化免疫架构——M1 样组织驻留巨噬细胞、树突细胞
胶质母细胞瘤与结直肠癌：保守 miRNA 网络调控 PD-1/PD-L1
筛出 5 个在 GBM 与 CRC 中一致失调的保守 miRNA：miR-106a-5p、miR-106b-5p、miR-20a-5p、miR-20b-5p、miR-138-5p。 上调组：miR-106a/106b-5p 在两癌中均上调且预后较好（表达越高生存越好）；miR-2
焦亡相关 lncRNA：乳腺癌预后与免疫微环境 signature
Cell Cycle · 2026-09-06 · 综述 综述焦亡相关 lncRNA 在乳腺癌进展与免疫中的调控：转录组分析得到的预后 signature 能把患者分层——低危组富集 CD8+ T / NK / B 浸润与免疫检查点表达，高
（方法亮点）NanoCAGE：病毒如何"劫持"宿主翻译
Virulence · 2026-09-03 · 期刊论文 用 NanoCAGE-seq 描绘人巨细胞病毒（HCMV）感染后宿主替代性转录起始位点（TSS）的切换全景：核糖体蛋白基因富集，感染期整体转录虽下调、蛋白却反常累积——替代 5'U
ROMO1 与类风湿关节炎：GWAS/孟德尔随机化 + 单细胞 + 空间的四层整合
Autoimmunity · 2026-09-05 · 期刊论文 用孟德尔随机化（MR）+ 差异表达 + 机器学习选特征锁定线粒体 ROS 调控因子 ROMO1；再以单细胞 RNA + 空间转录组，把 ROMO1 相关免疫细胞定位到滑膜微环
TXNRD1 经 TGF-β1 自分泌环路驱动非小细胞肺癌可塑性与干性
Cancer Biology & Therapy · 2026-09-08 · 期刊论文 在 TCGA/GEO 中分析分期进展基因谱（聚焦氧化还原基因家族），发现 TXNRD1（硫氧还蛋白还原酶 1）在晚期 NSCLC 中表达 约高 2 倍
慢性肾病的炎症与代谢"昼夜节律重编程"（4 小时间隔时序 RNA-seq）
Renal Failure · 2026-09-06 · 期刊论文 对对照与 CKD 小鼠肾脏组织做 4 小时间隔的时序 RNA 测序 ，用 JTK_CYCLE 算法识别节律基因并按"丢失 / 获得 / 维持"分类，再做聚焦式生物信息分析。
肝内胆管癌：三级淋巴结构异质性的时空图谱（214 + 155 例 + 空间多组学）
Science Advances · 2026-09-09 · 期刊论文 肝内胆管癌（iCCA）预后极差、治疗选择有限。本研究构建了三级淋巴结构（TLS）的 多模态空间图谱 ，确认 肿瘤内 TLS（iTLS）为独立预后标志物 。 蛋白组学：
BWA：短读长序列比对工具
BWA 是基于 Burrows-Wheeler 变换的 DNA 序列比对软件，用于将短读长序列比对到大型参考基因组，如人类基因组。
拟南芥热激响应中调控网络架构调节基因表达噪声的单细胞与建模研究
结论：在拟南芥根系中，热激响应（HSR）的细胞间差异在热激调控子范围内呈协同变化，且该响应的分布幅度受上游调控网络架构调节；证据来自报告基因成像、单核RNA测序与随机建模的组合，属预印本层面的机制性证据。 设计：采用HSP70启动子报告基因活体成像，观察根细胞在热激前后的表达；用
血管损伤中内皮钙信号与磷脂酰丝氨酸外化的空间解耦联：单细胞激光损伤与在体成像研究
内皮损伤可产生快速扩散的Ca2+波前，但磷脂酰丝氨酸（PS）外化仅局限于受损细胞，提示Ca2+信号传播与促凝膜反应在空间上解耦联；该结论来自预印本，证据档位为C，尚不足以作为定论。 研究采用单层内皮细胞单细胞激光损伤、离体完整肠系膜血管成像与在体Ca2+成像相结合的设计；样本量与
生命科学方向雷达 · 2026-W43｜空间分辨率下的变异读出，与分层标志物的可操作性
生命科学方向雷达：单像素谱系：从图谱到变异读出、分层标志物：从关联到可操作亚型、细胞来源拆解：特异性敲除与梯度定位。单细胞与空间组学正从“做出图谱”转向“读出变异与谱系”：单像素体细胞突变、单细胞长读长单倍型重建，问题变成分辨率与重建精度够不够。
Self-extending DNA recording with stochastic and programmed writing
Recording cellular histories requires continued information accumulation while retaining earlier records. Infinite Printer couples DNA self-
远古病毒感染残留DNA或影响黑猩猩脑演化（资讯报道）
资讯报道提出，数百万年前的一次病毒感染可能通过基因组中的DNA残留影响黑猩猩的脑演化，属于假说性提示，尚不足以下结论。 该文为Science News资讯报道，研究设计、样本量、干预与对照、随访时长均材料未报告；报道仅提及远古病毒感染与基因组DNA残留这一线索。
伯克霍尔德菌巨型噬菌体Matilda利用成对末端基因组重复序列的基因组结构解析
结论：研究描述了一株靶向伯克霍尔德菌的新巨型噬菌体φMatilda，其267 kb线状dsDNA基因组具有此前未报道的三联体末端结构，提示该结构可能与感染过程相关。 设计与做法：噬菌体分离鉴定与组学分析研究；对φMatilda进行基因组测序与结构解析，并结合转录组与蛋白质组追踪感
基于单细胞长读长的X染色体失活逃逸与偏倚解析女性免疫基因剂量
结论：作者提出基于图的单细胞长读长框架scDaisyChain，可在单个女性供者中重建X染色体单倍型，并据此量化谱系特异的XCI逃逸、偏倚与变异暴露，提示这些指标与性别偏倚的免疫基因剂量及X连锁变异暴露相关（预印本，证据档位C，方向为关联性描述）。 设计与做法：方法学研究加小规模
星形胶质细胞sEH-EET信号调控小胶质细胞溶酶体与STING通路（小鼠与iPSC研究）
在5xFAD小鼠中遗传性敲除sEH可减少I型干扰素应答的小胶质细胞亚群并降低pSTING水平，星形胶质细胞特异性而非内皮特异性sEH敲除可重现该表型；结果提示星形胶质细胞sEH-EET轴调控小胶质细胞STING信号，但证据来自预印本动物与细胞模型。 设计为多组学与遗传学干预研究：
GATK：基因组分析工具集
GATK 是面向二代测序数据的开源基因组分析工具集，提供变异发现与基因分型等流程，支持本地与云端并行运行。
