ColabFold：基于Colab的蛋白质结构预测工具

ColabFold通过Google Colab提供蛋白质折叠预测，整合MMseqs2快速同源搜索与AlphaFold2等模型，降低使用门槛。

这个工具是什么

ColabFold是一个开源项目，旨在通过Google Colab使蛋白质折叠预测更易访问。它基于AlphaFold2等结构预测模型，并整合了MMseqs2进行快速多序列比对，替代了原始的jackhmmer搜索。项目提供多个Jupyter Notebook，支持单体、复合物预测以及模板使用。最新版本为v1.6.3，采用MIT许可证。

核心能力

• 提供基于Google Colab的Notebook，无需本地高性能计算资源即可运行结构预测
• 使用MMseqs2进行快速多序列比对，相比jackhmmer显著提升搜索速度
• 支持蛋白质单体与复合物结构预测，并可选用模板信息
• 包含AlphaFold2、AlphaFold3、ESMFold等多种预测模型的Notebook

科研中的典型用法

• 在Google Colab中打开AlphaFold2_mmseqs2 Notebook，输入蛋白质序列，预测其三维结构
• 使用AlphaFold2_batch Notebook批量预测多个蛋白质序列的结构
• 通过ESMFold Notebook在无MSA的情况下快速预测单体结构

快速上手

访问ColabFold的GitHub仓库，选择所需的Notebook（如AlphaFold2_mmseqs2）并点击在Colab中打开。运行Notebook中的单元格，按提示输入序列或上传FASTA文件。需注意Colab免费GPU的显存限制，约16G显存下最大序列长度约为2000。

生态与相近工具

同领域还有DeepMind的AlphaFold2官方Notebook、RoseTTAFold2、ESMFold、OmegaFold等。ColabFold的优势在于整合了MMseqs2加速MSA并提供了多个模型的Colab版本，适合快速尝试；若需最新模型或特定功能，可参考其他工具。

项目信息

• 仓库：sokrypton/ColabFold
• 星标：2,928　·　派生：747
• 主要语言：Jupyter Notebook
• 许可证：MIT
• 最近提交：2026-09-18

本文属于《学科研究工具知识库 · 生命科学》第 3 篇（按 GitHub 星标排序）。收录标准：该学科公开可获取的开源研究工具，星标与活跃度为主要参考，不代表对其性能或适用性的背书；选型前请结合自身场景评估。